Hiện nay, Trường PTDT Nội trú THCS - THPT Yên Minh đang duy trì các CLB học tập, tuyên truyền sức khỏe sinh sản vị thành niên và phổ biến, giáo dục pháp luật, CLB theo sở thích, thể thao – võ thuật; mô hình bồi dưỡng học sinh giỏi môn Địa lý, “Trường học an toàn, an ninh, trật tự”… CLB học tập hoạt động thường xuyên, mạnh nhất, được triển khai trên hầu hết các môn học chính, như: Văn, Toán, Lý, Hóa, Ngoại ngữ… Mỗi học sinh căn cứ vào khả năng và sở thích để lựa chọn một hoặc nhiều môn học tham gia vào các CLB. Trong quá trình sinh hoạt CLB, ngoài được trao đổi kiến thức, các em còn được thầy, cô hướng dẫn phương pháp học, nghiên cứu sâu trong mỗi môn học. Bên cạnh đó, các em thường xuyên được tổ chức các cuộc thi tìm hiểu kiến thức như: Đường lên đỉnh Olympia, theo dòng lịch sử, em yêu toán học, văn học… xem các bộ phim về sự kiện lịch sử, tác phẩm văn học nổi tiếng. Qua đó, giúp các em bổ sung, mở rộng kiến thức và rèn luyện một số kỹ năng phục vụ học tập, được truyền cảm hứng cho những định hướng tương lai.Cô giáo Triệu Thu Hằng, Bí thư Đoàn trường, cho biết: Nhằm nâng cao kiến thức và tăng cường các kỹ năng giao tiếp xã hội cho học sinh, khơi dậy niềm đam mê của các em; từ nhiều năm qua, Ban Giám hiệu đã chỉ đạo Ban Chấp hành Đoàn trường xây dựng và duy trì hoạt động của nhiều câu lạc bộ (CLB) và mô hình học tập cũng như năng khiếu dành cho học sinh. Hoạt động của các CLB góp phần giúp nâng cao chất lượng trong công tác dạy, học cũng như tạo điền kiện cho học sinh phát triển toàn diện.